基于科学是文明国家的基础这一信条，在促进日本的和平复兴和人类社会的福祉、推动各国学术界的合作与学术进步这一使命下，日本于1948年7月10日通过《日本学术会议法》（昭和23年法律第121号），并于1949年1月正式设立日本学术会议。
从定位来看，日本学术会议乃是内阁总理大臣直接主管、且独立于政府执行职务的特别机构（《日本学术会议法》第1条第2款）。因此，其运营经费是由日本国库来负担（《日本学术会议法》第1条第3款）。
目前，日本学术会议乃是全日本人文与社会科学、生命科学、理学与工学等各个领域87万科研人员的对内、对外代表机构，其致力于推进科学的蓬勃发展，并将科学反映与根植于行政、产业及国民生活（《日本学术会议法》第2条）。
如前所述，日本学术会议是日本政府的特设机构，其独立行使以下职务：
第二，促进科学研究方面的交流与合作，并增进其效率（《日本学术会议法》第3条）。
第一，政府为实现对有关科学的研究、试验等方面的资助及其他对科学的振兴而提供的资金的预算及其分配；
第二，有关政府主管的研究所、试验所及委托研究费等方面的预算的编制方针；
第四，政府认为有必要向日本学术会议咨询的其他事项（《日本学术会议法》第4条）。
从权限的角度看，日本学术会议可以就以下事项向政府提供建议：
第六，有利于日本学术会议实现其目的的其他事项（《日本学术会议法》第5条）。在日本学术会议的要求下，日本政府可以向其提供资料、陈述意见或进行说明（《日本学术会议法》第6条）。
另外，日本学术会议还可以加入相关国际学术团体（《日本学术会议法》第6条之2第1款）。但是，若加入相关国际学术团体会使日本政府承担新的义务的，则在加入前须预先经过日本首相的承认（《日本学术会议法》第6条之2第2款）。
如前所述，日本学术会议是日本各个领域87万科研人员的对内、对外代表机构，其最高权力机构为由210名会员组成的（会员）大会（《日本学术会议法》第7条第1款）。会员大会每年召开两次，由会长召集；在必要时，会长还可召集临时大会（《日本学术会议法》第23条第2款）。
会员大会必须由会员总数的1/2以上出席，方才有效（《日本学术会议法》第24条第1款）。会员大会的表决，因出席会员的多数同意而通过（《日本学术会议法》第24条第2款）。
这210名会员先由日本学术会议从取得卓越研究业绩的科研人员中选拔产生并推荐给首相（《日本学术会议法》第17条），然后由首相任命（《日本学术会议法》第7条第2款）。
会员的任期为6年，每3年换届半数会员（《日本学术会议法》第7条第3款）。会员因特殊事由在任期内出缺的，递补会员的任期为出缺者的剩余任期（《日本学术会议法》第7条第4款）。会员不得连任，但递补会员在出缺者的剩余任期后，可以连任一次（《日本学术会议法》第7条第5款）。会员在年满70周岁时，必须退任（《日本学术会议法》第7条第6款）。
另外，从福利待遇来看，日本学术会议向会议支付一定的补贴（《日本学术会议法》第7条第7款），并且，会员可以兼任国会议员（《日本学术会议法》第7条第8款）。
图 | 日本学术会议会长山极寿一（取自京都大学官网）
日本学术会议设会长1人、副会长3人（《日本学术会议法》第8条第1款）。会长由会员选举产生（《日本学术会议法》第8条第2款）。副会长由会长经会员大会同意后，从全体会员中指定产生（《日本学术会议法》第8条第3款）。
会长和副会长的任期均为3年，且经过重新选举后可以连任（《日本学术会议法》第8条第4款及第5款）。递补的会长或副会长的任期为出缺者的剩余任期（《日本学术会议法》第8条第6款）。
会长对内统领会务，对外代表日本学术会议（《日本学术会议法》第9条第1款）。副会长负责辅助会长执行会务，并在会长无法执行职务时，受会长委托，代理会长的职务（《日本学术会议法》第9条第2款）。从具体分工来看，目前3名副会长分别负责日本学术会议的组织运营管理、处理与政府的关系以及国际事务。
日本学术会议设有干事会，负责其具体运营（《日本学术会议法》第14条第1款）。干事会由日本学术会议的会长和副会长、后述各部的部长和副部长、以及干事组成（《日本学术会议法》第14条第2款）。在某些情形，干事会可以基于委托，代行日本学术会议的部分职务或权限（《日本学术会议法》第14条第3款）。
第一部为人文与社会科学部，由在该领域取得卓越研究业绩的会员组成，主要负责人文领域和社会科学领域的相关事务（《日本学术会议法》第11条第1款）。
第二部为生命科学部，由在该领域取得卓越研究业绩的会员组成，主要负责生命科学领域的相关事务（《日本学术会议法》第11条第2款）。
第三部为理学与工学部，由在该领域取得卓越研究业绩的会员组成，主要负责理学领域和工学领域的相关事务（《日本学术会议法》第11条第3款）。
各部设部长1人、副部长1人及干事2人（《日本学术会议法》第12条第1款）。部长由部内会长选举产生（《日本学术会议法》第12条第2款）。副部长由部长经部会同意后，从部内会员中指定产生（《日本学术会议法》第12条第3款）。
部长掌管部内事务（《日本学术会议法》第13条第1款）。副部长负责辅助部长执行部内事务，并在部长无法执行职务时，受部长委托，代理部长的职务（《日本学术会议法》第13条第2款）。干事在部长的指令之下，具体执行部内事务（《日本学术会议法》第13条第3款）。
日本学术会议设有四个职能委员会，即选拔委员会、科研人员委员会、科学与社会委员会、国际委员会。其中，
选拔委员会负责从全日本各领域的科研人员中选拔日本学术会议的会员。
科研人员委员会负责探讨与解决科研共同体内部的问题，例如男女研究者对科研的共同参与、学术体制、学术交流与合作、研究计划和研究资金、研究与教育的关系，对科研人员的评价等等。
科学与社会委员会负责处理各种实际问题以及与社会、政府和产业界的沟通。
根据不同的专业领域，日本学术会议下设30个专业委员会，即语言与文学委员会、哲学委员会、心理学与教育学委员会、社会学委员会、历史学委员会、地域研究委员会、法学委员会、政治学委员会、经济学委员会、经营学委员会、基础生物学委员会、综合生物学委员会、农学委员会、食品科学委员会、基础医学委员会、临床医学委员会、健康与生活科学委员会、牙医学委员会、药品学委员会、环境学委员会、数理科学委员会、物理学委员会、地球恒星科学委员会、信息学委员会、化学委员会、综合工学委员会、机械工学委员会、电气电子工学委员会、土木工学和建筑学委员会、材料工学委员会。这些专业委员会为常设性的委员会，具体负责审议各自专业领域的相关问题。
日本学术会议还会根据需要设置临时性的委员会，即课题委员会。与专业委员会所不同，课题委员会是由不同专业领域的会员所构成。设置课题委员会的目的在于，广泛凝聚科研共同体的智慧，解决当今社会所面临的重大问题。
目前，日本学术会议共设有12个课题委员会，即防灾减灾学术合作委员会、有关发挥科技作用的防灾减灾政策的国际展开的研讨委员会、医学与医疗领域的染色体编辑技术的研讨委员会、有关未来地球的推进与合作的委员会、有关机动车的无人驾驶的推进及其社会性课题的委员会、人口减少社会中的野生动物管理方策的研讨委员会、解决人口减少社会的相关问题的研讨委员会、有关国际直线对撞机计划的修改的研讨委员会、有关认知障碍的综合性研讨委员会、大学教育的质量保证委员会、有关基于科学依据的“体育之价值”的普及方策的委员会、有关开放性科学的深化与推进的委员会。
第四，启蒙社会大众的科学观念。
根据《关于对行政机关所实施的政策的评价的法律》（《日本政策评价法》）的规定，日本政府每年组织外部专家对日本学术会议的活动进行事后评价。最新一期即2016年度（2016年10月至2017年9月）的《外部评价书》在开头的总体评价中写道：
“可以看出从2016年10月到2017年9月，日本学术会议就安全保障、染色体等社会广泛关注的事项进行了建议建言、信息提供、年轻研究者的组织培育等全方位的积极活动。特别是在本年度进行的会员改选中，新任会员中女性所占比例超过30%，已提前完成政府设定在2020年完成的目标。这表明日本学术会议在组织构成等方面不断进行完善。基于上述理由，我们给予日本学术会议本年度的活动以高度评价。”
